11-ая флотилия была основана 15 мая, 1942 года, в Бергене (Норвегия), под командованием корветтен капитана Ганса Кохауза, который руководил флотилией с мая 1942 года, по декабрь 1944 года.Эмблемой флотилии был выбран полярный медведь, на фоне подводной лодки.

В ее состав вошли субмарины, главным образом используемые в Северном море против PQ-конвоев.

В сентябре 1944 года, с потерей баз на французском побережье Флотилия был реорганизована. Новым командующим флотилии был назначен кавалер Рыцарского Креста с Дубовыми листьями, корветтен капитан Генрих Леман Вилленброк, бывший командир U-96, отличившийся в битве за Атлантику.

В состав флотилии входили лодки типа VIIC, VIIC41, XXI, XXIII. Первая эллектро лодка типа XXI, U-2511, которая успела, до конца войны, выйти в патруль, была приписана к флотилии «Eis Bar».

В рядах флотилии сражались такие подводники как Макс Мартин Тейчерт, Ганс Гюнтер Ланге, Рольф Томсен
В мае 1945 года, после подписания Германией капитуляции, флотилия была расформирована.